Teadlased avastavad peaaegu 2000 uut soolebakterit
Arvukate hiljutiste uuringute kohaselt on inimese soolestiku bakteripopulatsioonid võimelised mõjutama meie füüsilise ja vaimse tervise erinevaid aspekte. Vaatamata sellele jäävad paljud bakterid teadlaste poolt kaardistamata. Uus uuring on nüüd avastanud umbes 2000 seni tundmatut soolebakterit.
Hiljutised uuringud, mida hõlmab Meditsiiniuudised täna on näidanud, et soolestiku mikrobiootal võib olla roll Parkinsoni tõve ja dementsuse korral ning nad võivad selgitada, miks 2. tüüpi diabeediravim mõnele hästi sobib, kuid teistele mitte.
Uus uurimus - ilmus eile ajakirjas Loodus - on nüüdseks tuvastanud ligi 2000 uut soolestiku bakteriliiki, mida teadlased pole laboris varem kasvatanud.
Uurijate meeskond Euroopa Bioinformaatika Instituudist (EMBL-EBI) ja Wellcome Sangeri Instituudist, mõlemad Hinxtonis, Suurbritannias, kasutasid arvutusanalüüsi, et hinnata kogu maailma osalejate soolestiku mikrobioomi proove.
"Arvutusmeetodid võimaldavad meil mõista baktereid, mida me laboris veel kasvatada ei saa," selgitab uuringu autor Rob Finn EMBL-EMI-st.
"Metagenoomika [geneetilise materjali analüüsi] kasutamine bakterite genoomide rekonstrueerimiseks on natuke sarnane sadade mõistatuste rekonstrueerimisega pärast kõigi tükkide kokkusegamist, teadmata, kuidas lõplik pilt mõeldud on, ja pärast seda, kui mõned tükid on segada, et see natuke raskem oleks, ”jätkab ta.
Siiski märgib Finn: "Teadlased on nüüd etapis, kus nad saavad laboritööde täiendamiseks ja mõnikord juhtimiseks kasutada mitmesuguseid arvutusvahendeid, et avastada uusi teadmisi inimese soolestikus."
Uus lähenemine
Meeskond suutis 11 850 erineva soolestiku mikrobioota proovidest rekonstrueerida 92 143 genoomi.
See võimaldas teadlastel tuvastada 1952 soolebakteri liiki, millest nad ja teised polnud seni teadnud.
Finn ja tema kolleegid selgitavad, et paljudel bakteriliikidel on nii-öelda madal profiil säilinud, kuna teadlased on neid soolestikus leidnud vaid väga vähe või nad ei suuda väljaspool soolestiku keskkonda ellu jääda.
Nad märgivad, et see on seni takistanud teadlasi lisamast selliseid liike oma soolebakterite nimekirja, millest nad teavad. See on põhjus, miks praeguse uuringu teinud meeskond otsustas minna uuele teele - ja kasutada arvutusmeetodite kombinatsiooni, et leida inimese mikrobioota põhjalikum “kaart”.
"Arvutusmeetodid võimaldavad meil saada ettekujutuse paljudest inimsoolus elavatest bakteriliikidest, nende arengust ja sellest, milliseid rolle võivad nad oma mikroobide kogukonnas mängida," ütleb uuringu kaasautor Alexandre Almeida.
Kindla kavandi loomise suunas
"Selles uuringus," selgitab Almeida, "kasutasime kõige ulatuslikumaid seedetrakti bakterite avalikke andmebaase, et tuvastada bakteriliike, mida pole varem nähtud. Meie kasutatud analüüsimeetodid on väga reprodutseeritavad ja neid saab tulevikus rakendada suuremate, mitmekesisemate andmekogumite jaoks, mis võimaldab edasist avastamist. "
Tulevikus loodavad teadlased, et need ja sarnased uuringud aitavad veelgi paremini mõista inimese soolestikku, mis omakorda aitab kaasa mitmesuguste seisundite parema ravi väljatöötamisele.
"Sellised uuringud aitavad meil luua nn soolestiku kavandi, mis tulevikus aitaks meil paremini mõista inimeste tervist ja haigusi ning võiks suunata isegi seedetrakti haiguste diagnoosimist ja ravi."
Uuringu kaasautor Trevor Lawley Wellcome Sangeri instituudist
Samal ajal märgib töörühm, et käesolev uuring on teadlasi teadlikumaks teinud soolelibakterite uurimistööde suurest tühimikust.
Teadlased teavad praegu suhteliselt vähe bakteriliikidest, mis on iseloomulikud muudele populatsioonidele kui neile, kes elavad Euroopas ja Põhja-Ameerikas, rõhutavad uurijad.
„Näeme, et Euroopa ja Põhja-Ameerika populatsioonide andmetes koguneb palju samu bakteriliike. Kuid vähesed Lõuna-Ameerika ja Aafrika andmekogumid, millele meil selle uuringu jaoks oli juurdepääs, näitasid märkimisväärset mitmekesisust, mida endistes populatsioonides ei olnud, ”märgib Finn.
"See viitab sellele, et alaesindatud populatsioonide andmete kogumine on hädavajalik, kui tahame saavutada tõeliselt terviklikku pilti inimese soolestiku koostisest," lisab ta, kutsudes teadlasi üles jätkama keskendumist mitmekesisematele kohortidele.
